在无尽的拉格朗日中编排舰队时，关键在于理解舰船定位与指挥值分配。每支舰队最多拥有300指挥值（升级至九级基地后可提升至400），舰船位置分为前排、中排和后排，系统会根据蓝图中的舰船定位自动排列。敌方舰船会优先攻击前排，因此前排需配置高防御舰船如装甲型驱逐舰或巡洋舰，中排侧重均衡型舰船，后排则安排高输出或支援型舰船。舰队命名不仅便于管理，还能在PVP中起到战术迷惑作用。
舰船选择需综合考量火力、防御与功能性。T0级舰船如米斯特拉（导弹反击）和T800（高闪避）适合作为核心输出，T1级卫士两栖（能量伤害分摊）和苔原载机（攻城伤害）则提供战术多样性。能量武器因无视护甲特性更受青睐，而实弹武器需注意单发伤害需突破敌方护甲值。载机舰船如航母需搭配强力舰载机才能发挥价值，否则仅能作为肉盾。维修舰船如苔原级对维持舰队续航至关重要。
面对高爆发舰队时，需增加前排数量并强化护甲；对抗防御型舰队则需提升中后排输出。利用增援功能可突破指挥值限制，但需注意增援后舰队将转为普通航行速度。封锁指令可用于诱使NPC舰队单挑，而高速侦查舰提前部署能缩短主力舰队曲速航行时间。矿船与工程舰混编可提升采集效率，但需避免计划圈重叠引发冲突。
战后维修必须返回基地船坞，预制模块无法在舰队仓储中直接使用。中立1级基地是高效刷经验场所，击退舰队后撤退可重复挑战。高等级野怪如8级（航母编队）建议跳过，直接挑战9级（战巡+航母）或10级（双战巡）。共享矿区与同盟协作能提升资源获取效率，撤退时需立即用工程局回城避免暴露基地坐标。
每艘船5-7个配件系统可通过技术点改造，优先提升核心属性如闪避率或装甲值。技能树选择需与舰船定位匹配，例如前排舰船优先点出生存类策略。定向抽取舰船时需储备足够资源，非主力舰船的碎片可用于强化核心舰船。定期分析战报中的伤害构成与HP曲线，能精准定位舰队弱点并优化配置。
