少年三国志的剧情以时空穿越为开端，玩家扮演一名来自未来的实习少年，因意外卷入三国时代的混乱而开启冒险。游戏开场便呈现了经典的虎牢关之战，但加入了魔化吕布等奇幻元素，三国志残卷的爆炸成为推动故事的核心线索。玩家需要收集这些散落的残卷，同时与试图篡改历史的神秘人对抗，这种设定既保留了三国历史框架，又赋予剧情现代科幻色彩。
随着剧情推进，玩家将亲历黄巾之乱、诸侯讨董等关键历史事件，但视角转变为少年武将的成长历程。游戏通过界限突破系统深化角色塑造，每位名将的少年时期故事被重新演绎，例如赵云、诸葛亮等角色不仅拥有战斗技能，还通过个人剧情展现性格特质。历史战役如赤壁之战被赋予新解读，玩家既能体验战场策略，也能在原创支线中探索隐藏剧情。
中期剧情围绕三国志残卷的争夺展开，玩家需在魏蜀吴群雄势力间周旋。游戏引入英雄联盟等玩法，将阵营对抗与主线结合，玩家决策会影响势力平衡。例如选择协助曹操或刘备将触发不同分支，而收集残卷的过程逐渐揭露神秘人的身份动机，这种多线叙事增强了代入感。
后期剧情聚焦于统一天下的终极目标，玩家需通过结盟、征战等方式壮大势力。游戏在此阶段强调名将传玩法，玩家可化身张辽、赵云等角色亲历逍遥津、长坂坡等战役，最终揭开三国志残卷与时空混乱的真相。结局并非单一设定，玩家对残卷的收集程度和阵营选择将影响天下归属，形成开放式的叙事闭环。
其核心魅力在于让玩家以少年视角重写历史，同时保留策略博弈与情感共鸣的平衡。
