金苹果群岛的宝箱分布较为分散，主要集中于五个区域：初始小岛、危危岛至布丁岛海域、布丁岛及其右侧海域、初始小岛至破破岛海域以及左上角小岛。初始小岛共有3个宝箱，分别位于锚点左侧、小岛上方及下方海域的丘丘人营地中。危危岛至布丁岛海域有5个宝箱，其中危危岛右侧海域的丘丘人营地、海域中央的限时挑战点以及左上角小岛的露天宝箱需特别注意。布丁岛及其周边海域的4个宝箱中，中央丘丘人营地和右侧小岛的挖掘宝箱较易遗漏。
破破岛海域的宝箱数量较多，共6个，分布在破破岛左上海域的丘丘人瞭望塔、上方小岛的限时挑战点以及右侧小岛的木箱障碍后。左上角小岛的5个宝箱需逐一探索，包括左下方小岛海边的露天宝箱、右上方小岛的幻形动物宝箱以及左上方小岛山顶的隐藏宝箱。部分宝箱需完成解谜或击败守卫怪物才能开启，例如危危岛山顶的星核宝箱需按特定顺序点亮元素方碑。
部分特殊宝箱如壁画宝箱和星核宝箱需触发特定任务。破破岛西南方向的山洞内有一处壁画宝箱，需使用羽球道具打破墙壁并拍照记录壁画线索。星核宝箱则分布在群岛各处，需收集18个星核后解锁华丽宝箱，其中破破岛山顶、布丁岛遗迹二楼及危危岛悬浮柱子上均有星核藏匿点。海上限时挑战点附近的摩拉箱也属于可收集资源。
探索时建议优先点亮所有传送锚点以提高效率，部分宝箱需借助浪船抵达海上营地或完成水泡解谜。水泡解谜需用浪船依次碾过海面水泡，最终触发摩拉匣奖励。若遇到无法开启的宝箱，可检查是否遗漏周边元素方碑、压力机关或幻形动物引导任务。金苹果群岛的宝箱内容以摩拉、圣遗物和武器强化材料为主，少量宝箱含有原石奖励。
最后需注意，部分宝箱位于视觉盲区，如双双岛南岛中部的假山后或危危岛山脚下的岩石缝隙中。使用元素视野可辅助发现隐藏互动点，而丘丘人营地旁的木箱障碍需击碎后才能显露宝箱。若需确认宝箱是否全部收集，可对照区域宝箱总数进行核对，避免因地形变化导致遗漏。
